En su mayor aventura para Game Boy™, Mario se enfrenta a su malvado rival, Wario, el cual se ha apoderado de Mario Land y lo ha convertido en su propio parque temático.

Para poder destronar a Wario, Mario tendrá que explorar seis nuevos mundos para encontrar las seis monedas de oro que abren la puerta del castillo de Mario. A lo largo de este viaje se topará con hordas de monstruos, unos conocidos y otros no tanto, pero también conseguirá superchampiñones, superestrellas y flores de fuego que le otorgarán nuevos poderes. Además, si se come una zanahoria mágica, se transformará en un conejo volador.