Al poco de caminar por el planeta, Olimar se topó con un extraño bulbo, parecido a una cebolla de Hocotate. Esta "cebolla" escupió una semilla que germinó y adquirió un tono rojo. Olimar la arrancó del suelo, y así descubrió a estas criaturas llamadas "Pikmin".
Los Pikmin ejercen todo tipo de funciones para Olimar: expertos en demoliciones, peones, guerreros... Le obedecen ciegamente y hasta dejan que los lance por los aires. Para producir más Pikmin hay que nutrir la cebolla a base de bestias y píldoras. Existen tres tipos de Pikmin en el planeta, todos ellos leales al capitán.
