A algunos 30 días les parecerán una eternidad, pero para Olimar el último de ellos podría darle el pasaporte para la eternidad. Con todo, transportar mercancía es su especialidad y, con los intrépidos Pikmin a su lado, sacará el máximo partido a los secretos del planeta para aprovechar cada segundo, y asegurarse de que no sea el último de su vida.

Al principio, Olimar ve entrañable la forma en la que los Pikmin se quedan rezagados cual cachorro perdido... hasta que se pierden de veras y acaban en las fauces de un bulbo enorme. Conseguir que florezcan es su única forma de mantenerse junto a Olimar y proporcionarle la velocidad que necesita. Cuando Olimar no pueda permitirse dejarlos plantados en la tierra, puede llevarlos de paseo por la hierba, en donde a veces se encuentra el jugoso néctar. Un trago hará florecer ipso facto a estos lentorros.

Olimar puede acompañarse de hasta 100 Pikmin, y por su propio bien le conviene mantenerlos ocupados trabajando. También es consciente de sus puntos fuertes y débiles, de ahí que el reparto de tareas adquiera todavía más importancia. Por ejemplo, por cada 100 que tenga, 30 pueden ocuparse de la construcción de un puente, 30 se encargan de derribar un muro y el resto de mantener la zona libre de bestias o trabajar para producir más Pikmin. Cuantos más Pikmin trabajen en un proyecto, más rápido se llevará a cabo. Sin embargo, a medida que avanza la partida necesitarás cada vez más reservas de Pikmin por si se produce cualquier tragedia al enfrentarte a las bestias de mayor enjundia.

Una vez descubiertos los tres colores, Olimar puede probar su destreza como criador de Pikmin en el modo Desafío. En esta modalidad independiente deberá producir el mayor número posible de Pikmin en un solo día. Todos los escenarios están plagados de bestias; se impone una técnica de combate excepcional para que la tasa de mortalidad no supere a la de natalidad.