Todos los juegos disponibles actualmente para Nintendo DS se pueden jugar en Nintendo DSi. Sin embargo, ya que Nintendo DSi no dispone de la ranura para cartuchos de Game Boy Advance, ciertos juegos de Nintendo DS que la emplean no son jugables, o bien algunas de las funciones de dichos juegos no se pueden usar. Esto concierne a los juegos que permiten transferir datos entre las tarjetas DS de Nintendo DS y los cartuchos de Game Boy Advance, o los juegos que requieran el uso de un accesorio en la ranura para cartuchos de GBA.

Esta es una lista de los productos de Nintendo DS que no son (enteramente) compatibles con Nintendo DSi:

• Guitar Hero On Tour y Guitar Hero Decades no son jugables.
• Algunas funciones no disponibles en: Pokémon Diamante,, Pokémon Perla, Pokémon Platino, Pokémon Dash y Pokémon Mundo Misterioso: Equipo de Rescate Azul.
• Los siguientes accesorios no se pueden utilizar: Nintendo DS Rumble Pak (cartucho de vibración de Nintendo DS), Nintendo MP3 Player, Nintendo DS Browser, Nintendo DS Lite Browser, Nintendo DS Memory Expansion Pak (cartucho de ampliación de memoria de Nintendo DS), Nintendo DS Lite Memory Expansion Pak (cartucho de ampliación de memoria de Nintendo DS Lite), Guitar Grip de Guitar Hero.

En el futuro puede haber algunos juegos de DS con algunas funciones que solo se puedan usar en una Nintendo DSi, o que no se puedan jugar con una consola Nintendo DS o Nintendo DS Lite en absoluto, pero en ese caso se mencionaría en la caja del producto, además de en la propia página del juego en el sitio web de Nintendo.