Con las consolas de la familia Nintendo 3DS se puede jugar de muchas formas. Además de los botones, también puedes manejar la consola inclinándola o con el lápiz táctil, ya sea arrastrándolo o tocando la pantalla con él. Las cámaras integradas se pueden emplear para transferir imágenes del mundo real a los juegos. Por último, el hecho de hablar o soplar al micrófono también puede formar parte de la mecánica de juego.

New Nintendo 3DS y New Nintendo 3DS XL ofrecen controles mejorados. Los nuevos botones en el frente, los botones ZL y ZR y la palanca C aumentan las opciones de control. Los controles que antes solo estaban disponibles con el botón deslizante Pro o botón deslizante Pro XL independientes, ahora están integrados en la consola.